Zuerst erstellst du ein Manifest (manifest.mf) worin deine Startklasse und der Name der JAR Datei steht. Diese speicherst du im Verzeichnis wo alle deine .class Dateien liegen. Z.B
Main-Class: Main
Class-Path: Prog.jar
Dann kannst du mit diesem Befehl die JAR Datei erstellen
jar -cmvf manifest.mf Prog.jar *.class