Du kannst das Modul ratelimit installieren.
sudo a2enmod ratelimit
In ndeiner VHost Konfiguration fügst du folgendes ein.
<VirtualHost *:80>
# Andere VirtualHost-Konfigurationen...
<Location "/pfad/zum/download">
SetOutputFilter RATE_LIMIT
SetEnv rate-limit 100k
</Location>
</VirtualHost>
Den Server danach neu starten.
sudo service apache2 restart