Im Exportmenü findest du im Reiter "Optionen" unter dem Abschnitt "Anwendung" den Punkt "Resource ändern". Hier kannst du ein eigenes Icon für die generierte Datei angeben. Dazu benötigst du RCEdit.
Wenn du den Punkt deaktivierst, kannst du die Datei ohne RCEdit exportieren und sie hat dann das Default Godot Icon.