Du hast vermutlich den Zone Identifier (MOTW, Mark of the web) entfernt. Passiert das bei allen Batch Scripten oder nur bei dem einen?
Get-Item -Path "script.bat" -Stream *
Und den Zone Identifier wieder hinzufügst wird Windows auch wieder fragen.
Set-Content -Path "script.bat" -Stream Zone.Identifier -Value "[ZoneTransfer]`r`nZoneId=3"