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Wie kann ich den DNS Cache auf einem Server leeren so wie in Windows mit 

ipconfig /flushdns
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Unter Linux hängt es davon ab, welcher DNS-Dienst verwendet wird. Du müsstest also wissen wie dein System DNS Anfragen auflöst. Der Befehl ist auf vielen Distributionen unterschiedlich. Du kannst aber prüfen welche Prozesse auf Port 53 (DNS) lauschen.

sudo lsof -i :53 -S

Das kann Aufschluss über den verwendeten Dienst liefern. Hier z.B systemd-resolved.

COMMAND   PID            USER   FD   TYPE DEVICE SIZE/OFF NODE NAME
systemd-r 799 systemd-resolve   12u  IPv4  23208      0t0  UDP localhost:domain
systemd-r 799 systemd-resolve   13u  IPv4  23209      0t0  TCP localhost:domain (LISTEN)

Hier sehe ich die PID 799. Mit 

ps -ef | grep 799

kann ich zusätzlich herausfinden, welcher Prozess das ist.

systemd+    799      1  0 14:05 ?        00:00:00 /lib/systemd/systemd-resolved

Das wäre dann systemd-resolved und den DNS Cache leert man mit

sudo resolvectl flush-caches
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