Mit der Option renew sucht Certbot ob ein Zertifikat erneuert gehört.
certbot renew
Du kannst einen Cronjob erstellen der den Befehl in bestimmten Abständen aufruft.
0 */12 * * * root certbot renew --quiet
Das bedeutet: Alle 12 Stunden versucht Certbot eine Erneuerung.