Du kannst den Service auch als ein anderer User installieren solange der User Administratorrechte hat. Wenn du den Service installiert hast öffnest du die Service Console. Gib dazu "Services" bzw. "Dienste" in der Windows Suche ein. Du wirst eine Liste aller registrierten Services sehen. Gehe zu Filebeat, klicke mit der rechten Maustaste auf den Eintrag und öffne die Eigenschaften.
Im Reiter "Log on" kannst du einstellen unter welchem Useraccount der Service starten soll. Siehe hier
