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Wenn ich einen Base64 String mit der Javascript Funktion btoa() erstelle kommt

SGVsbG8gd29ybGQ=

aber wenn ich das certutil verwende kommt

SGVsbG8gd29ybGQNCg==

Wie kann es sein das die Hashes unterschiedlich sind?

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Wenn du das Certutil verwendest schreibst du den String vermutlich in eine Datei. Die zusätzlichen Zeichen entstehen durch einen Zeilenumbruch der am Ende des String eingefügt wird. Wenn du die kodierten Strings z.B hier dekodierst, sieht du im Ergebnis einen Zeilenumbruch am Ende.

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