Du kannst der Funktion eine Referenz auf das geklickte Element mitgeben.
<div id="menu">
<div onclick="test(this)">A</div>
<div onclick="test(this)">B</div>
<div onclick="test(this)">C</div>
<div onclick="test(this)">D</div>
<div onclick="test(this)">E</div>
</div>
In Javascript erstellst du ein Array aus allen Div Elementen die Kindelemente vom Div "menu" sind. Dann suchst du nach dem Index an dem das Element das du referenziert hast in diesem Array enthalten ist.
function test(element) {
var divs = document.getElementById("menu").querySelectorAll('div');
var position = Array.from(divs).indexOf(element);
alert("Position in der Liste: " + position);
}