Du kannst die Position des Elements (left, top, right, bottom, x, y, width, height) mit der Funktion getBoundingClientRect ermitteln und mit der Position des sichtbaren Bereichs des Browsers vergleichen.
var el =
document.getElementById("myElement");
var rect = el.getBoundingClientRect();
if( rect.top >= 0
&& rect.left >= 0
&& rect.bottom <= (window.innerHeight || document.documentElement.clientHeight)
&& rect.right <= (window.innerWidth || document.documentElement.clientWidth) ) {
concole.log("Element ist im sichtbaren Bereich");
}