Zuerst erstelle ein Backup des Verzeichnis in dem die Datenbank liegt
mv /var/lib/rpm /var/lib/rpm.backup
und erstelle ein neues Verzeichnis mit entsprechenden Zugriffsberechtigungen.
mkdir -p /var/lib/rpm
chmod 755 /var/lib/rpm
Danach kannst du die Datenbank neu initialisieren.
rpm --rebuilddb